Na Câmara dos Deputados, a medida provisória recebeu diversas emendas que não só alteravam o Código Florestal, mas também a Lei da Mata Atlântica. As inclusões permitiam o desmatamento em caso de implantação de linhas de transmissão de energia elétrica ou gasoduto, por exemplo, sem necessidade de estudo prévio de impacto ambiental (EIA) ou compensação de qualquer natureza.
Outra emenda dispensava zona de amortecimento e corredores ecológicos em unidades de conservação quando estas estivessem situadas em áreas urbanas definidas por lei municipal. Os deputados também haviam aprovado a dispensa de consulta a conselhos estaduais e municipais de meio ambiente para a definição do uso do solo em faixas marginais ao longo de qualquer corpo hídrico.
No Senado, as mudanças na Lei da Mata Atlântica foram impugnadas, com base em entendimento do Supremo Tribunal Federal (STF), sob argumento de não tratarem do mesmo tema da medida provisória. Como os senadores também propuseram outras mudanças, o texto voltou para análise na Câmara, que rejeitou as impugnações do Senado e enviou à sanção presidencial, mantendo as emendas dos deputados.
Essas mudanças na Lei da Mata Atlântica foram vetadas. Segundo o relator na Câmara, deputado Sérgio Souza (MDB-PR), o texto havia sido acordado entre diversos atores, inclusive o governo. O deputado afirmou que Lula teria seus vetos respeitados pelo parlamento.